Najpopularniejszy klub sportowy w Szczecinie został założony 21 kwietnia 1948 roku pod nazwą Klub Sportowy Sztorm. Pierwszymi sekcjami były sekcje piłki nożnej i boksu. Drużynę piłkarzy zgłoszono do rozgrywek C-klasy organizowanych przez Zachodniopomorski Okręgowy Związek Piłki Nożnej. Sztorm był patronowany przez szczecińskich transportowców. W marcu 1949 roku kluby związkowe w Szczecinie (KS Sztorm, KS Curkownik, KS Drukarz, Pocztowy KS) zostały połączone w jeden, który nazwano KS Związkowiec. W 1949 roku Związkowiec przystąpił do rozgrywek A-klasy, w miejsce Pocztowego KS. W listopadzie 1950 roku Związkowca, w związku z machinacjami finansowymi, rozwiązano, a jego miejsce w lidze zajął klub powstały przy porcie o nazwie KS Kolejarz Szczecin. W 1950 i 1951 zespół brał udział w ogólnopolskim Pucharze Polski i dochodził do 1/16 finału. W 1951 drużyna wygrała rozgrywki A-klasy, zaś w barażach o II ligę poległa, w związku z grą nieuprawnionego zawodnika. W 1953 roku, po reorganizacji rozgrywek utworzono Ligę Międzywojewódzką, obejmującą województwa szczecińskie, zielonogórskie i poznańskie. Z tego pierwszego desygnowano do gry kluby: Kolejarz Szczecin, Gwardia Szczecin i Kolejarz Goleniów. Jesienią 1955 roku Kolejarz zmienił nazwę na KS Pogoń. Nazwa, herb i barwy miały być kontynuacją jednego z największych klubów przedwojennej Polski, Pogoni Lwów. W 1956 pod wodzą Floriana Krygiera zespół został wicemistrzem Ligi Międzywojewódzkiej i w turnieju barażowym o II ligę (Flota Gdynia, Warta Gorzów, Kujawiak Włocławek) zajął I miejsce awansując na zaplecze ekstraklasy pierwszy raz w historii. W 1958 roku w grupie północnej Pogoń zajęła I miejsce z 37 punktami i stosunkiem bramek 54:22, awansując do I ligi pierwszy raz w historii. Podczas tych zmagań zespół ustanowił rekord – nie przegrał żadnego ze spotkań w walce o awans do ekstraklasy. Rekord ten pozostaje nie pobity do dziś.